Клиническими базами кафедры являются два инфекционных стационара г.Н.Новгорода – клиническая инфекционная больница №2 и клиническая инфекционная больница №9. КИБ №2 – многопрофильный инфекционный стационар, где концентрируются больные с синдромами желтухи, лимфоаденопатией, тонзиллярным синдромом, больные с капельными инфекциями и заболеваниями, протекающими с длительной лихорадкой, больные с инфекциями кожи и слизистых, больные с ВИЧ-инфекцией. На базе КИБ №2 развернут городской гепатологический центр. Больным с неотложными состояниями помощь оказывают в отделении интенсивной терапии и реанимации. Больница располагает современной лабораторной базой (клиническая, бактериологическая, биохимическая, серологическая, в т.ч. ИФА лаборатории).

КИБ №9 – городской центр кишечных инфекций. Госпитализация больных с диарейным синдромом и гельминтозами осуществляется именно в этот стационар.

Лечебная работа сотрудников кафедры заключается в курации больных с различными нозологическими формами инфекционной патологии (ассистенты); профессор и доценты кафедры оказывают консультативную помощь в отделениях стационаров и в амбулаторных условиях. В зоне особого внимания находятся больные с хроническими вирусными гепатитами, лечение которых проходит  с использованием самых современных схем противовирусной терапии (сотрудничество с фирмами Хофман Ля Рош и Шеринг-Плау) под контролем серологического профиля, данных индикации ДНК и РНК вирусов и патоморфологических изменений в печени.

1 – 2 раза в год на кафедре (совместно с кафедрой детских инфекций) проводятся циклы усовершенствования врачей-инфекционистов по всем проблемам инфектологии. Кроме того, на кафедре практически ежегодно проходят первичную переподготовку по инфекционным болезням врачи других специальностей; обучение продолжается 4 месяца и имеет целью – подготовку врачей-инфекционистов для районов Нижегородской области и других регионов ПФО.