Лечебно-профилактическая работа ведется на основе договоров между кафедрой и ЛПУ, являющимися клиническими базами.

Основной базой кафедры является Городская клиническая больница №5. В клинике насчитывается 252 хирургических койки, в том числе 18 реанимационных. В состав клиники входят следующие специализированные отделения: кардиохирургическое отделение (50 коек), два отделения торакальной хирургии (50), два отделения общей хирургии (110), отделение гнойной хирургии со специализированной гнойной реанимацией (30) и ОРИТ хирургического профиля (12).

Клиника оказывает плановую хирургическую помощь населению нагорной части города, экстренную хирургическую помощь населению нагорной части города 4 дня в неделю. Торакальные отделения оказывают специализированную помощь больным Н. Новгорода и Нижегородской области. На базе клиники действует кардиологический центр хирургической и интервенционной аритмологии Приволжского федерального округа.

Второй базой кафедры является Специализированная кардиохирургическая клиническая больница, в ней развёрнуто 230 коек, в том числе по отделениям: ППС - 55 коек, ВПС - 55 коек, ИБС - 45 коек, ОХС - 45 коек, 4 к.х.о. - 30 коек. Оказывается специализированная кардиохирургическая помощь жителям Н.Новгорода и области.

В Городской больнице №35 имеется 75 хирургических коек, больница дежурит по экстренной хирургии в нагорной части города 3 дня в неделю. В больнице оказывается экстренная и плановая хирургическая помощь по абдоминальной, гнойной хирургии, травматологии и урологии.

Для каждого клинического отделения кафедрой выделен консультант - профессор, который еженедельно осуществляет клинические обходы и разборы а также ведет текущую консультативную работу.

Ассистенты кафедры ведут по 8-10 больных и 2-3 раза в месяц дежурят по экстренной помощи.

Руководитель кафедры и его зам. по лечебной работе участвуют в работе медсовета больницы, проводят ежедневные врачебные конференции с разбором и анализом лечебно-диагностических мероприятий госпитализированных и оперированных больных.