Кафедра располагается на двух клинических базах – МЛПУ Городская  клиническая больница № 40 Автозаводского района и МЛПУ Городская больница № 13. Каждая из них является крупным лечебным учреждением.

Клиническая больница № 40 из 1360 коек имеет 450 хирургических, которые размещены в 7 отделениях: плановой и экстренной хирургии, гнойное с проктологическим, флебологическое, урологическое, травматологическое и нейрохирургическое. Кроме того, имеется детское хирургическое отделение.

Больница объединена с поликлиникой, где имеется хирургический, травматологический, урологический кабинеты.

Специализированные приемы: хирургический кабинет - 28000 больных в год; травматологический кабинет - 16000 больных в год; урологический кабинет - 2000 в год.

Число посещений в поликлинике в одну смену около 700 человек.

Больница располагает современной диагностической и лечебной аппаратурой, в том числе эндоскопическим, ультразвуковым и пятью рентгенологическими кабинетами. Приобретен операционный эндоскопический набор, с помощью которого производятся операции на органах брюшной полости. Это многопрофильная хирургическая больница, оказывающая ежедневно круглосуточно в течение всего года экстренную хирургическую помощь населению города и частично области, является мощной хирургической базой для учебного процесса, позволяющей на современном уровне вести преподавание хирургии.

На базе ГКБ №40 сформирован Городской флебологический центр в котором оказывается специализированная врачебная помощь больным с заболеваниями венозной системы.

Городская больница № 13, вторая клиническая база кафедры, также многопрофильная больница на 2000 коек, из которых 280 – хирургического профиля. В том числе - отделение общей хирургии, сосудистое, гнойное, урологическое, проктологическое и травматологическое отделения, с 2003 года еще и отделение легочной хирургии.  Больница хорошо оснащена современным диагностическим и лечебным оборудованием. На этой базе наиболее развита плановая, нежели экстренная хирургия, располагается городской Ангиохирургический центр. В больнице имеется уникальный для региона спиральный компьютерный томограф. Функционирует, созданный впервые в России, негосударственный кардиохирургический центр. Внедряются в клиническую практику новейшие технологии выполнения нейрохирургических, ортопедических и ангиохирургических вмешательств.

Два крупнейших лечебных учреждения (больница № 40 и больница №13) располагаются вблизи друг от друга, что позволяет рационально использовать их для обучения курсантов.

Обе клинические базы не могут обходится без помощи профессорско-преподавательского состава кафедры хирургии ФПКВ.

За 2009 год показатели лечебной работы сотрудников кафедры и базовых ЛПУ приведены в таблице.