В последние годы, в связи с высочайшими темпами развития фармацевтической науки и промышленности, выросла потребность практического здравоохранения в специалистах с высшим фармацевтическим образованием. В целях организации обучения в указанной категории работников, в 2000г. был организован фармацевтический факультет, деканом факультета была назначена и является им до настоящего времени Светлана Владимировна Кононова - доктор фармацевтических наук, член-корреспондент РАЕН, председатель фармацевтического совета ПФО. В штате деканата две должности: декан и документовед. Бессменным документоведом является Елена Михайловна Кириченко.

К фармацевтическому факультету относятся 7 кафедр:

• Биохимии им. Г.Я. Городисской

• Нормальной физиологии им. Н.Ю. Беленкова

• Общей и клинической фармакологии

• Общей химии

• Русского языка

• Управления и экономики фармации и фармацевтической технологии

• Фармацевтической химии и фармакогнозии.

В 2003г. на факультете было организовано заочное отделение, где обучаются специалисты, имеющие среднее фармацевтическое образование. В настоящее время на факультете обучается 579 студентов: на очном отделении  - 252, на заочном – 327.

Факультет пользуется популярностью у выпускников школ. Конкурс на вступительных экзаменах колеблется от 4,2 до 4,5 абитуриентов на одно бюджетное место. География студентов самая разнообразная: Нижегородская, Кировская, Московская область, Республики Марий Эл, Мордовия, Чувашия, Красноярский край и др.

Специальные дисциплины преподаются на кафедрах «Управления и экономики фармации и фармацевтической технологии», «Фармацевтической химии и фармакогнозии». Кафедра фармацевтической и фармакогнозии оборудована современными новейшими приборами, что позволило организовать в составе кафедры испытательную лабораторию «Провизор» (аттестат аккредитации № РОСС RU.0001.21ФМ92). Подготовка студентов по дисциплинам специальности ведут профессора и доценты, доктора и кандидаты наук, имена которых известны научному и профессиональному сообществу не только России, но и за её пределами. Это - Мельникова Нина Борисовна, Кононова Светлана Владимировна, Чжен Федор Харитонович, Соколова Нина Николаевна.

Практические умения студенты фармацевтического факультета  совершенствуют в организациях – базах практики. Среди них - Нижегородский областной центр контроля качества и сертификации лекарственных средств, 4 крупных оптовых фармацевтических предприятий, более 50 различных аптечных организаций, и 8 аптек ЛПУ, предприятия-производители лекарственных средств: «Нижфарм», «Фитофарм НН», «ИМБио», Нижегородский областной центр крови.

Студенты факультета ведут большую научно-исследовательскую работу, результаты которой востребованы практической фармацией, по таким направлениям как: фармакоэкономика, поиск новых лекарственных средств биологически активных добавок, разработка новых методов анализа и синтеза субстанций, социальная защита фармацевтических работников, оптимизация деятельности фармацевтических организаций, фармацевтический маркетинг и менеджмент и др. Всего за прошедший период студентами выполнено 1100 курсовых и 53 дипломных проекта.

Результаты исследований обсуждаются на студенческих научных конференциях и на конференциях специалистов фармацевтических, лечебно-профилактических и других организаций, на базе которых велось курсовое и дипломное проектирование.

Сложилось тесное взаимодействие факультета с практическим здравоохранением и фармацией посредством участия в организации и проведении научно практических конференций с выступлениями преподавателей и студентов.

Фармацевтический факультет в 2004г. стал инициатором проведения научно-практических конференций совместно с органами управления здравоохранением и аптечной службой области и города, областной общественной организацией «Нижегородская ассоциация фармацевтов».

Факультет продолжает свое поступательное развитие. Само словосочетание «молодой» уже вовсе не означает неопытный, несостоятельный. «Молодой» - значит более активный и более энергичный, чем остальные. И это не пустые слова. Силами выпускников и студентов фармацевтического факультета был создан и успешно функционирует сайт Областной общественной организации «Нижегородская ассоциация фармацевтов» www.pharmnn.ru.

Факультет ведёт активное сотрудничество с всемирно известным Нижегородским театром-студией слабослышащих детей "Пиано", оказывая волонтёрскую помощь.    

С 2008 года проводятся фармацевтические спартакиады с участием студентов 3,4 и 5 курсов академии. Ребятам предоставляется возможность показать себя не только физически сильными, но и  профессионально эрудированными.

В 2010 году факультет отметил свой 10-летний юбилей.

Идет дооснащение химических и технологический лабораторий, формируется модуль учебной аптеки на кафедре управления и экономики фармации и фармацевтической технологии.

Принятая в Российской Федерации стратегия развития фармацевтической отрасли до 2020 года делает наиболее востребованными специалистов по производству препаратов, клиническим исследованиям, фармакобезопасности, фармакоэкономике, фармаконадзору.