В 1933 году началось обучение первых врачей в ординатуре Горьковского медицинского института.
В 1989 г. в медицинском институте был организован отдел клинической ординатуры и аспирантуры. В 1993 г. аспирантура была переведена в научно-организационный отдел. В 1994 г. был организован отдел клинической ординатуры и интернатуры. В начале 2016 г. был организован Факультет подготовки специалистов высшей квалификации (ФПСВК), в который вошли отдел ординатуры и аспирантуры, а с 2020 г. – отдел магистерских программ. С 2020 г. и по настоящее время деканом факультета является к.м.н. доцент Ю.А. Исраелян, заведующим аспирантуры является к.м.н. доцент Е.А. Ермолина, заведующим магистратуры – к.м.н. доцент Н.А. Алексеева.
В настоящее время университет имеет лицензию на право послевузовского образования в ординатуре по 52 специальностям. С каждым годом растет количество врачей, обучающихся по программам ординатуры.
С 1998 г. в интернатуре, а затем и в ординатуре, начали обучаться иностранные граждане. Ежегодно расширяется как спектр специальностей, так и значительно увеличивается количество обучающихся, проживающих в странах ближнего и дальнего зарубежья.
В настоящее время ФГБОУ ВО «ПИМУ» Минздрава России ведет подготовку научных и научно-педагогических кадров в аспирантуре в рамках 5 групп научных специальностей: биологические науки, клиническая медицина, профилактическая медицина, медико-биологические науки, фармацевтические науки.
Ежегодно более 130 молодых ученых и иностранных специалистов осуществляют научно-исследовательскую деятельность в ПИМУ, с целью подготовки диссертации к защите. С 2006 по 2021 гг. аспирантуру ПИМУ окончили 726 аспирант, из них 419 с защитой кандидатских диссертаций.
По программам магистратуры обучение проводится в очной и очно-заочной формах. В настоящее время разработаны и утверждены следующие основные образовательные программы по пяти профилям: нейробиология, экспериментальная медицина, клиническая психология, информационные системы и технологии в здравоохранении и управление здравоохранением. В 2023 г. состоялся первый выпуск магистров по профилю клиническая психология.